A Esterilização elimina possíveis germes contidos no produto, inclusive na forma esporulada, o que garante o cumprimento de normas exigidas em alguns países. Podem ser esterilizados produtos na saída do cozimento, gorduras e farinhas antes da moagem. O processo consiste em levantar a temperatura do produto a 133ºC, a 3 bars de pressão, durante 20 minutos. É um sistema que deve ser completamente automatizado, com controle de produção e registro de pressão, temperatura e tempo, o que pode ser apresentado em forma de gráficos. A automatização é necessária para garantir a qualidade do produto final. O Esterilizador de Farinhas injeta vapor diretamente no produto, para levantar temperatura e pressão, e uma esfriadora evita a condensação. Já Esterilizador de material cozido trata o produto antes da prensagem e atua também com vapor direto, não sendo necessária a esfriadora. O Esterilizador de gordura pode ser necessário para adequar alguns produtos à legislação.